Arrêts maladie : réduction de l’indemnisation des CMO pour les contractuels au 1er mars 2025

La loi de finances pour 2025, dans son article 189, instaure un ajustement du taux d’indemnisation des congés de maladie ordinaire. Jusqu’ici, les agents publics bénéficiaient d’une rémunération à 100 % de leur traitement pendant les trois premiers mois d’absence pour maladie ordinaire. Depuis le 1^er mars 2025, cette rémunération est réduite à 90 % du traitement de base pour les périodes de congé maladie ordinaire concernées. Les congés de longue maladie (CLM) et de longue durée (CLD) restent cependant exemptés de cette mesure, et la rémunération continue d’être maintenue à 100 %, comme le font les règles en vigueur. Cette réduction de l’indemnisation s’applique uniquement aux congés de maladie ordinaire (après application d’un jour de carence), et ce, pour une période de trois mois. Au-delà, soit à partir du quatrième mois, la rémunération passera à demi-traitement, selon les règles déjà en place. Deux décrets n° 2025-197 et n° 2025-198 du 27 février 2025 rendent désormais cette réforme également applicable aux agents contractuels de la fonction publique au 1^er mars 2025, ce qui n’était pas possible avant la modification des dispositions du décret n° 88-145 du 15 février 1988. Ces deux textes ont obtenu un vote défavorable des organisations syndicales ainsi que des employeurs territoriaux et hospitaliers, lors des réunions du Conseil Commun de la fonction publique (CCFP) des 11 février et 19 février derniers.

Décryptage des mesures instituées par les décrets n° 2025-197 et n° 2025-198 du 27 février 2025

Le décret n°  2025-197 encadre les règles de rémunération pour les agents publics placés en congé de maladie ordinaire. Il modifie le taux de remplacement de traitement pour le ramener à 90 % pour les trois premiers mois d’absence en maladie ordinaire, après avoir maintenu cette rémunération à 100 % jusque-là. Ce texte s’applique aux agents contractuels des trois versants de la fonction publique : État, territoriale et hospitalière. Il met également fin à la dichotomie entre « plein traitement » et « demi-traitement » qui jusque-là régnait dans les textes applicables aux fonctionnaires territoriaux et hospitaliers.
Le texte réglementaire établit le rapport de la mise en œuvre de la subrogation pour les agents contractuels de l’État dans les domaines de la maladie, de la maternité, de la paternité, de l’adoption, ainsi que des accidents du travail et des maladies professionnelles. Initialement prévue pour le 1^er mars 2025, cette subrogation sera appliquée à compter du 1^er janvier 2027, afin d’assurer une meilleure transition et une optimisation de la mise en œuvre dans les systèmes d’information des employeurs.
Le décret n° 2025-198 est relatif à la rémunération maintenue en congé de maladie pour certains agents publics. Il établit à 90 % le taux de remplacement du traitement ou d’autres éléments de rémunération pour les périodes de congé de maladie ordinaire aux agents contractuels enseignants des ministères de l’Éducation nationale et de l’Agriculture. Il rend également applicables certaines dispositions du décret n° 86-83 du 17 janvier 1986 qui régissent les congés pour étendre les raisons de santé des agents contractuels de l’État. Ces ajustements visent à assurer une certaine homogénéité des règles au sein de la fonction publique.

Réforme des arrêts maladie dans la fonction publique : entre indignation et difficultés pratiques d’application

Cette réforme relative à l’indemnisation des arrêts maladie qui s’applique désormais aussi aux agents contractuels est loin de faire l’unanimité. Les syndicats de la fonction publique et les représentants des employeurs territoriaux et hospitaliers sont fortement opposés à cette réforme comme en atteste les votes défavorables reçus lors des dernières réunions du Conseil commun de la fonction publique en février 2025 avant la publication des dits décrets. Les organisations syndicales estiment que cette réduction de l’indemnisation des congés maladie entraîne une perte de pouvoir d’achat pour les agents en congé maladie, particulièrement dans un contexte où la fonction publique est déjà confrontée à des conditions de travail difficiles. Les employeurs territoriaux soulignent de leur côté les risques administratifs et financiers pour les collectivités locales qui ajusteront leurs pratiques de gestion des arrêts maladie dans ce nouveau cadre.

La mise en œuvre des décrets n° 2025-197 et n° 2025-198 du 27 février 2025 pose des défis pratiques. Tout d’abord, il est nécessaire de former les services RH à ces nouvelles dispositions, afin d’assurer une gestion fluide des arrêts maladie dans le respect des règles en vigueur. La transition entre les taux de 100 % et de 90 % devra être suivie avec attention pour éviter toute erreur de calcul ou de versement des indemnités. Ensuite, le rapport de la subrogation au 1^er janvier 2027, bien qu’il permette de mieux préparer sa mise en œuvre, ajoute une dimension supplémentaire de complexité pour les employeurs des agents contractuels. Ces derniers persisteront à gérer les arrêts maladie selon les modalités précédentes jusqu’à cette date, ce qui pourrait nécessiter des ajustements techniques et organisationnels.

La réforme de la rémunération des arrêts de maladie des agents publics est à la fois une réponse à une volonté de maîtrise des coûts publics et une nécessité d’adapter le système de rémunération aux réalités financières. Cependant, cette réduction va affecter certains agents déjà fragilisés par des conditions de travail parfois éprouvantes. Il sera essentiel de suivre de près les impacts sur le moral des fonctionnaires et agents contractuels afin de s’assurer que la réforme ne se fera pas au détriment de leur bien-être.